협회장

• 협회장 아래 자문단, 고문단을 개별 운영하고 있다.
• 협회장 직속으로 운영위원회를 두고있다.

운영위원회

• 운영위원회 아래 정책기획위원회, 인증심사위원회, 기금후원위원회를 운영
• 운영위원회 직속으로 사무처장을 두고있다.

사무처장

사무처장 직속으로 사무국을 두고 있으며, 각 실천분과가 마련되어있다.

사무국

• 정책기획팀
• 유아인성교육팀
• 청소년인성교육팀
• 운영지원팀
• 대외협력팀
• 운영행정팀
• 교육지원팀
• 온라인지원팀
• 컨텐츠연구팀

각 실천분과

• 교사커뮤니티 위원회
• 학생커뮤니티 위원회
• 학부모커뮤니티 위원회
• 교육철학·역사교육 위원회
• 지역협력전문위원회
• 청소년 뇌교육 위원회
• 유아인성교육 위원회
• 예술문화교육 위원회
• 체육활동교육 위원회
• 온라인 인성교육 위원회